शुद्ध शहद की प्राकृतिक घटना (समय के साथ क्रिस्टलीकरण और रंग परिर्वतन) के बारे में जागरूकता की कमी के कारण उपभोक्ताओं को लगता है कि वे जो शहद खा रहे हैं, उसकी गुणवत्ता खराब है और उसमें मिलावट है। व्यवसायिक प्रतिष्ठानों ने (उपभोक्ताओं को शिक्षित करने के बजाय) भोले-भाले उपभोक्ताओं की इस सोच को दूर करने के लिए शहद का प्रसंस्करण करना शुरू कर दिया। प्रसंस्करण के दौरान, शहद को पाश्चुरीकृत किया जाता है। यह शहद को अत्यधिक तापमान पर गर्म करने की प्रक्रिया है, जो इसके अंदर मौजूद सूक्ष्मजीवों, जैसे कि खमीर या बैक्टीरिया को नष्ट कर देता है। इतना ही नहीं, बल्कि पाश्चुरीकरण शहद के कई बेहतरीन गुणों को भी नष्ट कर देता है, जैसे कि इसके प्राकृतिक एंजीऑक्सीडेंट और पराग या छत्ते के टुकड़े। इन तत्वों के बिना, इसके प्राकृतिक पोषक तत्व और लाभ समाप्त हो जाते हैं। यह नियमित चीनी जितना ही हो जाता है, जिसके सेवन से शहद का कोई लाभ नहीं होता है और यह पैसे की बर्बादी बन जाता है। दूसरी ओर, कच्चे शहद को कभी भी पाश्चुरीकृत नहीं किया जाता है। मधुमक्खी पालक अपने शहद को नरम और पतले सूती कपड़े (मलमल) से छानकर उसमें कुछ प्राकृतिक मलबे को हटा देते हैं। फिर भी, सभी अनूठी और लाभकारी विशेषताएँ बरकरार रहती हैं। अगर यह क्रिस्टलीकृत हो जाता है, तो इसका मतलब है कि आपका शहद 100 प्रतिशत शुद्ध और मिलावट रहित है। सर्दियों में या गर्मियों में भी, अगर शहद को एयर-कंडीशन वाले कमरे या फ्रिज में रखा जाता है, तो क्रिस्टलीकरण बहुत आम है। वैसे भी, अलग-अलग फूलों के रस से क्रिस्टलीकरण की अलग-अलग समय-सीमा होती है; कुछ ठोस भी हो सकते है।